A origem da nossa instituição remonta à década de 1940, com o Decreto-Lei nº. 4.127, que cria a Escola Técnica de Química. É, no entanto, apenas na década de 1990 que a ETFQ-RJ foi ampliada, havendo a criação da Unidade de Ensino Descentralizada de Nilópolis (UNED) e a instalação dos cursos Técnico em Química e Técnico em Saneamento.
Em dezembro de 1994, a Lei nº 8.948, criou o Sistema Nacional de Educação Tecnológica e a previsão de transformação das escolas técnicas federais em Centros Federais de Educação Tecnológica (CEFET), além de abrir a possibilidade que as escolas agrotécnicas federais também fossem alçadas a nova condição. Em 1999 a ETFQ-RJ foi transformada em Centro Federal de Educação Tecnológica de Química de Nilópolis (CEFETQ), tendo suas finalidades ampliadas e mudança de sede para o município de Nilópolis, Região Metropolitana do Rio de Janeiro.
A Educação Superior, por seu turno, se inicia no campus Nilópolis, em 2003, com o Curso Superior em Tecnologia em Produção Cultural. No ano seguinte, foram autorizados novos cursos para a unidade Nilópolis, então sede da instituição: Tecnologia em Química dos Produtos Naturais (em extinção), Licenciatura em Física e Licenciatura em Química.
Em 29 de dezembro de 2008, o Centro Federal de Educação Tecnológica de Química de Nilópolis (CEFETQ), através da Lei nº 11.892, é transformado em Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Rio de Janeiro (IFRJ). Neste ato de transformação de CEFETQ em IFRJ, foi incorporado Colégio Agrícola Nilo Peçanha, então vinculado à Universidade Federal Fluminense, passando a ser o campus Nilo Peçanha – Pinheiral.
Para além de uma nova denominação, a transformação significou uma nova identidade, implicou uma mudança de sede para o município do Rio de Janeiro e levou a uma rápida expansão na perspectiva de novos campi, áreas de atuação, cursos, infraestrutura e quadros de servidores. Em seus 23 anos, a presença do Instituto Federal do Rio de Janeiro - IFRJ tem sido fundamental para o desenvolvimento socioeducacional da cidade de Nilópolis, que está entre os treze municípios que formam a Baixada Fluminense, no Estado do Rio de Janeiro, região que apresenta diversos problemas sociais e econômicos.
Nessa perspectiva, o campus Nilópolis, a maior unidade do IFRJ, tem ampliado seu papel no cenário da educação da Baixada Fluminense, sendo um celeiro de novos profissionais que contribuem para o crescimento da esfera educacional, social, econômica e cultural do país. Oferece quatro cursos técnicos de nível médio, dentre eles o de Manutenção e Suporte de Informática, ofertado na modalidade da Educação de Jovens e Adultos. Possui ainda seis cursos de graduação (três licenciaturas, dois bacharelados e um tecnólogo), e cinco cursos de Pós-graduação (dois stricto sensu e três lato sensu).
Para o ano de 2019, já estão previstas novas vagas de graduação, além das ofertadas até então, uma vez que está sendo implantado o Curso de Formação Pedagógica na modalidade de ensino à distância. Além de se destacar no ensino tradicional, o campus Nilópolis tem aumentado o investimento nas áreas de pesquisa e extensão. De acordo com o artigo 207 da Constituição da República Federativa do Brasil de 1988, essas três vertentes são os pilares da educação. Dentre suas diversas frentes de ação, nos últimos anos, o campus enviou, com recursos próprios, dezenas de alunos para o exterior para desenvolver projetos de pesquisas em suas áreas de estudo. Ademais, oportunizou aos seus estudantes de graduação a participação na mobilidade acadêmica internacional, através de um convênio com o Instituto Politécnico de Bragança. Desempenha, outrossim, função estratégica na comunidade do entorno, oferecendo atividades abertas ao público externo através de projetos de extensão e de eventos acadêmicos e científicos.
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