A gestão da pesquisa no IFRJ é feita pela Diretoria de Pesquisa (DPESQ) da Pró-Reitoria de Pós-graduação, Pesquisa e Inovação (PROPPI).
Pesquisas envolvendo seres humanos desenvolvidas no IFRJ devem ter seus projetos, antes de seu início, apreciados pelo Comitê de Ética em Pesquisa (CEP/IFRJ).
Pesquisas que façam uso de animais desenvolvidas no IFRJ devem ter seus projetos, antes de seu início, apreciados pela Comissão de Ética no Uso de Animais (CEUA/IFRJ).